Пока армия машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону.

Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.

Жизнь Томаса Андерсона разделена на две части: днём он — самый обычный офисный работник, получающий нагоняи от начальства, а ночью превращается в хакера по имени Нео, и нет места в сети, куда он бы не смог проникнуть. Но однажды всё меняется. Томас узнаёт ужасающую правду о реальности.