Новый президент США Таддеус Росс решает назначить Капитана Америку на официальную должность. Но в прошлом между ними были разногласия, и Сэм сомневается, что это хорошая идея. Этим же вечером на президента совершается покушение. Уилсон уверен, что предатель скрывается среди ближайшего окружения Росса.

Каждый день Чарльза Шайна, служащего рекламного агентства, похож на предыдущий. У него есть жена Диана, работающая учительницей в местной школе, и дочь Эми, больная диабетом. Однажды утром, когда ему пришлось ухаживать за Эми, Чарльз опаздывает на поезд и вынужден сесть на следующий. Казалось бы, что в этом особенного? Однако в поезде он встречает обворожительную женщину по имени Люсинда, которая выручает его, заплатив за билет, на который у Чарльза не хватило денег.

Четверо братьев-черепах, всю жизнь скрывавшихся от мира людей в канализациях Нью-Йорка и обучавшихся ниндзюцу, отправляются на поверхность и пытаются жить как нормальные подростки. С помощью своей новой подруги Эйприл О’Нил они выходят на след печально известного преступного синдиката и армии мутантов.