Пока армия машин пытается уничтожить Зион, его жители из последних сил держат оборону.

Борцы за свободу Нео, Тринити и Морфеус продолжают руководить восстанием людей против армии машин. Они вынуждены использовать не только арсенал превосходного оружия, но и свои выдающиеся навыки. Участие в миссии по спасению человеческой расы от истребления приносит им более глубокое понимание Матрицы и осознание центральной роли Нео в судьбе человечества.

Затерянный в лесу американский городок пленяет каждого, кому не посчастливилось проехать его по пути — покинуть это место оказывается буквально невозможно. Днем невольные жители пытаются выстроить подобие нормального быта и найти способ выбраться, а по ночам спасаются от пугающих обитателей леса, которые приходят навестить горожан, как только заходит солнце.