Четверо братьев-черепах, всю жизнь скрывавшихся от мира людей в канализациях Нью-Йорка и обучавшихся ниндзюцу, отправляются на поверхность и пытаются жить как нормальные подростки. С помощью своей новой подруги Эйприл О’Нил они выходят на след печально известного преступного синдиката и армии мутантов.

10 лет назад по заданию Агентства Доминик и Брайан ограбили бразильского политика, бизнесмена и по совместительству наркобарона Эрнана Рейеса, который пустился за ними в погоню и погиб. Теперь его сын Данте собирается реализовать коварный план мести — не просто убить Доминика, а заставить страдать, разделавшись с его семьёй.