Искусственный интеллект Entity готовится уничтожить человечество, постепенно перехватывая контроль над ядерными арсеналами мировых держав. У Итана Ханта и его команды есть лишь 72 часа, чтобы найти устройство с исходным кодом Entity, которое находится на затонувшей российской подводной лодке «Севастополь», и предотвратить глобальную катастрофу.

Хитростью и немалой сноровкой раздобыв бесценную карту верховьев Амазонки, бойкая археолог Лили Хоутон отправляется в экспедицию, чтобы найти волшебное дерево, цветок которого — согласно легенде — обладает невероятными целебными свойствами. Прихватив с собой младшего брата, который не в восторге от перспективы поездки в дикие джунгли, девушка нанимает проводника — капитана круизного пароходика по имени Фрэнк. Вся компания пускается в приключение, где их подстерегают не только смертельно опасные представители амазонской флоры и фауны, но и ловушки, подстроенные участниками конкурирующей экспедиции.

Итан Хант и его команда противостоят системе искусственного интеллекта Entity, которая вышла из под контроля и стала угрозой человечества.