Людям Икс во главе с профессором Чарльзом Ксавьером приходится вступить в битву с самой эволюцией в лице их воскресшего товарища по команде. Джин Грэй, возрождённая в облике Тёмного Феникса, представляет опасность не только для самой себя, но и для мутантов и для всей человеческой расы.

Автоботы и десептиконы оставили человечество собирать планету по кусочкам. Между тем группа могущественных бизнесменов и гениальных ученых пытается извлечь уроки из ошибок прошлого и улучшить технологии до такой степени, чтобы выйти за пределы контролируемого ранее. В это время другая группа — древних мощных трансформеров — берет Землю под прицел.